Цели и задачи, поставленные перед заповедником и прописанные в его Уставе и Положении, требуют максимально возможного сохранения природного комплекса в естественном состоянии на всей территории. Организация и осуществление охраны заповедного режима, защита лесов от пожаров являются важнейшим и самым ответственным звеном во всей деятельности заповедника.
Печоро-Илычский государственный природный биосферный заповедник – самый крупный по размерам заповедник в Европе. Его территория состоит из двух участков: равнинный (16,1тыс. га.) и предгорный, горный (705,2тыс. га.). Протяженность границ заповедника составляет 703 км. Из них водных – 394 км, и сухопутных – 309 км (в том числе по горному участку - 166 км). Границы заповедника, кроме восточной, выделены просеками до 2-4 м шириной с установкой через 1 км указателей территории заповедника, аншлагов, рассказывающих о правилах заповедного режима и об охраняемых растениях и животных.
Основными транспортными путями в заповеднике являются реки – Илыч с притоком первого порядка р. Кожимью и Печора. Протяженность водных путей от центральной усадьбы (сп.Якша) до основного участка составляет от 170 км до 240 км.
Для обеспечения охраны территория заповедника разделена на 4 лесничества: Якшинское – площадью 16,1 тыс. га, Верхне-Печорское – 168,8 тыс. га, Нижне-Илычское – 140,5 тыс. га и Верхне-Илычское – 396,2 тыс. га.
Охрану заповедника осуществляют государственные инспекторы. Общий штат службы охраны, включая директора – 33 человека. Кроме этого, правами государственных инспекторов наделены 3 сотрудника научного отдела. За исключением Якшинского лесничества, в котором госинспекторы живут на Центральной усадьбе и в сп.Якша, в остальных лесничествах инспекторы проживают на кордонах.
Всего в заповеднике 9 кордонов: Полой, Собинская, Шайтановка, Шежым-Печорский – по Печоре; Изпыред, Шежымдикост, Усть-ляга, Укь-ю, Верхняя Ваджига – на Илыче. В них круглогодично проживают и работают государственные инспектора охраны, которые охраняют лес, проводят учет животных, наблюдают за явлениями природы. На въездных кордонах Изпыред и Полой организованы контрольно-пропускные пункты для лиц, посещающих с различными целями основную часть заповедника. В обязанности инспекторов охраны входит проверка пропусков и документов, отражающих цель посещения, а также наличие огнестрельного оружия, орудий рыбной ловли, собак, пребывание с которыми в заповеднике не со служебными целями категорически запрещено. Связь между кордонами и Центральной усадьбой осуществляется с помощью радиостанций. Основным транспортом в период навигации являются моторные лодки, тяжеловесные и габаритные грузы доставляются на кордоны катером с понтоном. В зимний период используются снегоходы.
В дополнение к системе кордонов в заповеднике создана постоянно действующая оперативная группа численностью 3 человека. При проведении контрольно-инспекционного патрулирования в состав оперативной группы включаются государственные инспекторы из штата лесничеств, сотрудники правоохранительных органов, общественные инспекторы.
Из средств связи на каждом кордоне имеются стационарные радиостанции, позволяющие поддерживать связь как между кордонами, так и с Центральной усадьбой. Всего заповедник имеет 14 радиостанций, из них 2 установлены на патрульных автомашинах и 2 - на катерах. Для связи с патрульными самолетами в пожароопасный период имеются радиостанции «Полет» и «Р-809М-2». Из носимых в распоряжении инспекторов 12 радиостанций «Карат-2Н». Государственные инспекторы из состава оперативной группы обеспечиваются на время патрулирования портативными радиостанциями «Standart» и спутниковыми телефонами.
За отделом охраны закреплен 1 автомобиль УАЗ-31512, 5 снегоходов «Буран» и 25 лодочных моторов.
Основными методами охраны территории заповедника являются наземное патрулирование и патрулирование на водных видах транспорта по рекам Илыч, Печора и их притокам. С целью своевременного обнаружения и ликвидации лесных пожаров силами Троицко-Печорского оперативного отделения авиационной охраны лесов в пожароопасный сезон проводится патрулирование территории заповедника с применением самолета АН-2 и вертолета МИ-8. Кроме этого, в засушливые периоды ведется постоянный контроль за территорией заповедника с наблюдательных пунктов и осуществляется наземное патрулирование на наиболее опасных в пожарном отношении участках лесных массивов.