Пространственная структура
В настоящее время заповедник существует в виде двух изолированных участков, расположенных в юго-западной и восточной частях междуречья Верхней Печоры и Илыча. Сохранившееся разделение на два участка связано с вырубкой бывших заповедных лесов на значительной части равнинного междуречья в период между последними двумя реорганизациями.
Границы и названия участков
Общепринятых названий участков заповедника нет. В различных литературных источниках они именуются неоднозначно. Участок, расположенный на юго-западе междуречья в равнинном ландшафтном районе обозначается как «Якшинский», «боровой», «равнинный», «западный», «юго-западный». Второй участок, лежащий в пределах предгорного и горного ландшафтных районов, называют «темнохвойным», «основным», «предгорно-горным», «горным», «восточным». В настоящей работе они именуются соответственно как «Якшинский» и «Уральский».
Якшинский участок: юго-западная граница образована 54 км отрезком р. Печоры между устьями её правобережного и левобережного притоков Половинная и Крутая; северная - 13 км по межквартальной просеке З-В от устья Половинной речки; восточная - 19 км по межквартальной просеке Ю-С от устья Крутой речки.
Уральский участок: северная граница - по р. Илыч и его притоку Кожимъю; восточная - по водоразделу Главного Уральского хребта; южная - по р. Печоре от её истоков до урочища Полой; западная - по межквартальной просеке Ю-С от устья Полоя до р. Илыч в 800 м выше впадения р. Испередъю.
ГЕОГРАФИЧЕСКИЕ КООРДИНАТЫ
Якшинский участок : 61° 43' - 61° 53' с. ш.; 56° 52' -57° 07' в. д.;
Уральский участок: 61° 57' - 63° 16' с. ш.; 57° 47' - 59° 39' в. д.; п.
Якша: 61°50' с. ш.; 56°52' в. д.
ПЛОЩАДЬ
Общая площадь заповедной территории составляет 721322 га, в том числе: Якшинский участок - 15800 га, Уральский участок - 705522 га.
Распределение земель по категориям
Лесоустройство
Полное лесоустройство на всей площади заповедника было проведено в 1978 г. 4-й экспедицией Северо-Западного лесоустроительного предприятия В/О «Леспроект». Территория Якшинского участка устроена по II разряду с размером кварталов 1 х 2 км; Уральский участок - по III разряду с кварталами 4 х 4 км в горной части по хребтам Кожимиз, Кычелиз, Макариз, Тумбализ и 2 х 4 на остальной территории.
Лесничества и кордоны
Территория заповедника разделена на 4 лесничества: Верхне-Илычское - 396176 га, Нижне-Илычское - 140526 га, Верхне-Печорское - 168820 га, Якшинское - 15800 га.
По границам лесничеств размещены Центральная усадьба в п. Якша и 9 лесных кордонов. На р. Илыч находятся кордоны Исперед, Шежимдикост, Усть-Ляга, Укъю, Верхняя Ваджега. На Верхней Печоре - Полой, Собинская, Шайтановка, Шежим.
Охранная зона
Современные границы охранной зоны утверждены Указом Главы Республики Коми № 350 от 27 декабря 1996 г.
В охранную зону Якшинского участка входит один ряд лесных кварталов Знаменского лесничества Комсомольского лесхоза, непосредственно примыкающих к северной и восточной границам заповедника, а также урочище Волосницкая Старица общей площадью 104,15 га.
Северная и западная границы охранной зоны Уральского участка образованы одним рядом примыкающих кварталов Еремеевского и Приуральского лесничеств Печоро-Илычского лесхоза и Комсомольского лесничества Комсомольского лесхоза. Южная граница - от р. Большая Андюга на восток по межквартальным просекам (172/176; 173/177; 174/178; 74/111) Комсомольского и Верхне-Печорского лесничеств Комсомольского лесхоза до границ государственного ихтиологического заказника республиканского значения «Верхнепечорский ». К южной границе Уральского участка по р. Печоре примыкает буферная зона (биосферный полигон) заповедника, включающая бассейн Р. Уньи и всю территорию её междуречья с Верхней Печорой (Постановление Совета Министров Коми ССР № 85 от 19 февраля 1992 г.).
В охранной зоне Уральского участка заповедника расположены ихтиологические заказники республиканского значения «Илычский», «Верхнепечорский» и «Испередьюсский». В пределах буферной зоны расположен комплексный (ландшафтный) заказник «Уньинский»
(Кадастр охраняемых природных территорий Республики Коми, 1993).