На территории заповедника встречается только один вид рептилий - живородящая ящерица. Она населяет все ландшафтные районы. В горах встречается во всех высотных поясах, в том числе и в горных тундрах.
Окраска и рисунок тела ящериц очень изменчивы. У взрослых особей окраска верха тела меняется от темно-серых до бурых цветов. Брюхо у самцов чаще всего оранжевое или красноватое, у самок – бледно-желтое или зеленоватое. Вдоль хребта и по бокам спины проходят темные полоски, ширина которых варьирует. Они могут быть сплошными и прерывистыми. Молодые ящерицы темно-бурые с черным хвостом.
Этот вид предпочитает увлажненные местообитания. В равнинном участке он обычен на верховых болотах, вдоль дорог, на зарастающих вырубках и гарях. В предгорном районе избегает сплошных массивов леса и часто встречается здесь около различных строений. В горах наиболее плотно населяет долины ручьев в пределах подгольцового и горно-тундрового поясов. Повсюду ящерицы тяготеют к местам с большим количеством укрытий и убежищ (кучи камней, старые пни, трухлявые лежащие деревья), вблизи которых они держатся, где скрываются в случае опасности и куда уходят на ночь.
Живородящая ящерица – дневное животное. Она появляется на поверхности, когда солнце достаточно прогреет землю, и активна до наступления сумерек. В пасмурную и прохладную погоду ее активность снижается.
Ящерицы не боятся воды. Прекрасно плавают, ныряют и в случае опасности зарываются в ил. При необходимости переплывают и реку Печору. Могут взбираться на стволы деревьев до 2 м высотой и там прятаться. Хорошо известна и способность ящериц во время их преследования отбрасывать хвост, который впоследствии у рептилий вырастает, но уже меньших размеров и более светлой окраски.
Ящерицы весной появляются в равнинном районе довольно рано – в самом начале мая, когда дневные температуры воздуха составляют всего 5-8 °С. В предгорном и горном районах это происходит на 10-20 дней позже. Сразу после пробуждения ящерицы приступают к размножению, период которого растянут почти на месяц. В августе появляются на свет живые детеныши, число которых варьирует у разных самок от 3 до 10. Для этого вида присуще так называемое живорождение, или яйцерождение. Оплодотворенные яйца в течение трех месяцев развиваются в организме матери, по истечению этого срока детеныши рождаются в прозрачных яйцевых оболочках, от которых тут же освобождаются. Безусловно, это приспособление к холодному климату, так как у данного вида в более теплых условиях самки откладывают яйца в почву.
В теплые годы ящерицы встречаются до середины октября, на зимовку уходят во второй половине сентября – прячутся в земле, собираясь нередко по несколько особей в одном месте.