Современный список лишайников включает 409 видов (Херманссон, Кудрявцева, 1997). По оценке специалистов , это лишь небольшая доля видов, которые могут быть найдены на территории заповедника, поскольку обследована лишь малая её часть. Хорошо изучены макролишайники и в меньшей степени накипные, особенно эпилитные (произрастающие на каменистых субстратах) виды. Наиболее полно выявлен состав и распространение лишайников в лесных экосистемах. Особым видовым разнообразием и наличием редких видов отличаются заболоченные ельники, где отмечено 47 % от общего числа видов произрастающих в лесах. Среди макролишайников отмечены виды, найденные впервые в Европе (стикта Нюландера) и России (хейромицина веерообразная, лептогиум приручейный, паннария смешанная, феофисция сжатая, феофисция щетинистая). Среди накипных видов хорошо изучена флора лихенизированных грибов порядка Калициевые, которые являются общепризнанными индикаторами девственных лесов. Их распространение определяется наличием большого количества древесины различной степени разложения и местообитаний с высокой влажностью воздуха. На территории заповедника найдено 48 видов этого порядка. Из них 27 впервые отмечены для севера Европейской России, 2 - для европейской части России и 3 вида (хенотека светлозернистая, хенотекопсис Вайнио и феокалициум пионерный) приводятся впервые для России. Многие из этих лишайников в ряде европейских стран являются очень редкими и занесены в Красные книги.
До настоящего времени наименее изученным компонентом флоры заповедника являются грибы. Проведена лишь предварительная инвентаризация видового разнообразия грибов обитающих на древесине. Наиболее полно выявлен состав трутовиков, насчитывающий 120 видов, что составляет около 72 % списка для таежных лесов Европы (Херманссон, 1997).