Разнообразие природных условий заповедника обусловило богатство его флоры. Флора сосудистых растений заповедника за длительный период его существования изучена достаточно хорошо. Выдающуюся роль в изучении флоры заповедника сыграла Лидия Борисовна Ланина, ею в 1940 году была опубликована книга «Флора цветковых и сосудистых споровых растений Печоро-Илычского заповедника», в которой приводятся сведения о 617 видах сосудистых растений, обнаруженных на территории заповедника. Указывается их распространение, местообитание, обилие, хозяйственное значение, приводятся названия на языке коми. Кроме видов, зарегистрированных на территории заповедника, в списке приводятся ещё 100 видов не найденных, но вероятных для его территории. С 1975 по 1985 год исследования флоры заповедника проводил Виктор Васильевич Федотов. Он посетил многие труднодоступные районы и обнаружил много новых для заповедника видов растений. С 1988 года флористические исследования продолжили Александр Николаевич Лавренко, Зинаида Георгиевна Улле и Н.П. Сердитов. В 1995 году ими была опубликована монография «Флора Печоро-Илычского заповедника», в которой приводился критический конспект видов сосудистых растений заповедника и его охранной зоны. На сегодняшний день монография является важнейшим источником сведений о флоре заповедника. В списке указаны 695 видов, относящихся к 288 родам и 28 семействам. В 2002 г. Ильёй Борисовичем Кучеровым с соавторами были опубликованы дополнения к флоре заповедника в верховьях реки Печоры. В ней приведены сведения о 123 новых для заповедника таксонов сосудистых растений.
В настоящее время изучение флоры заповедника продолжается. Каждое лето на его территории работают научные сотрудники заповедника и сотрудничающих с ним научно-исследовательских учреждений. Все находки новых видов и новых мест обитания ранее известных видов фиксируются в соответствующем разделе Летописи природы.
На сегодняшний день флора заповедника насчитывает около 800 видов. В процессе дальнейшего изучения эти данные постоянно корректируются.